فصل ۲۰۱۲–۲۰۱۳

مسی در بازی اول بارسلونا در این فصل مقابل تیم رئال سوسیداد موفق به گلزنی شد تا در برد ۵ ۱ تیمش در نیو کمپ سهیم باشد. او در ۲۳ اوت در دور اول سوپر کاپ اسپانیا، با یک ضربهٔ پنالتی گل دیگری را وارد دروازهٔ رئال مادرید کرد تا تیمش بازی را ۳ ۲ به پایان ببرد.[۱۳۰] او در بازی بعدی برابر اوساسونا گلزنی کرد و برد ۲ ۱ تیمش را رقم زد. مسی در دور دوم سوپرجام فوتبال اسپانیا با یک ضربهٔ آزاد دروازهٔ رئال مادرید را باز کرد. اما در نهایت بارسلونا که ۱۰ نفره شده بود بازی را به رئال واگذار کرد. گل برتری رئال را کریستیانو رونالدو به ثمر رساند.[۱۳۱] گل مسی در آن بازی، پانزدهمین گلش در ال کلاسیکو بود که او را به برترین گلزن تاریخ بارسا در ال کلاسیکو و دومین گلزن برتر تاریخ رقابت های ال کلاسیکو بعد از آلفردو دی استفانو(۱۸ گل) بدل کرد. مسی در این رکورد به رائول اسپانیایی رسید.[۱۳۲] مسی در آن فصل به همراه کریستیانو رونالدو (هرکدام با ۱۷ رای) برای عنوان بهترین بازیکن اروپا در سال ۲۰۱۲ در جایگاه دوم قرار گرفت. هم تیمی مسی، آندرس اینیستا این عنوان را به دست آورد.[۱۳۳] او در ۲ سپتامبر برابر والنسیا از نقطهٔ کرنر به هم تیمی خود آدریانو کریا یک پاس گل داد و تنها گل بازی را رقم زد. مسی در ۱۵ سپتامبر برابر ختافه دو گل دیگر را به ثمر رساند.[۱۳۴] او در ۲۰ سپتامبر در اولین بازیِ آن فصل لیگ قهرمانان اروپا برابر اسپارتاک موسکو گلزنی کرد تا بارسلونا بازی را ۳ ۲ به پایان بَرَد. با گل مسی در آن بازی، تعداد گل های او در آن فصل در تمامی رقابت ها به ۱۰ گل رسید.[۱۳۴]

مسی در ۱۱ نوامبر در بازی مقابل رئال مایورکا دو گل زد (هفتاد و پنجمین و هفتاد و ششمین گل فصلش) و رکورد ۷۵ گل پله در یک فصل را شکست. پله در سال ۱۹۵۸ این رکورد را از خود به جای گذاشته بود. مسی با فاصلهٔ ۹ گل از تعداد گل های اسطورهٔ آلمانی گرد مولر قرار گرفت. رکورد مولر در کتاب رکوردهای جهانی گینس قرار داشت و برای یک سالِ تمام محاسبه شده بود.[۱۳۵] او هفتاد و هفتمین و هفتاد و هشتمین گلش را در ورزشگاه نیوکمپ برابر رئال زاراگوزا به ثمر رساند تا ۷ گل با رکورد مولر فاصله داشته باشد.[۱۳۶] مسی در برابر اسپارتاک موسکو دو بار گلزنی کرد و هفتاد و نهمین و هشتادمین گلش را به ثمر رساند تا ۵ گل با رکورد مولر فاصله داشته باشد.[۱۳۷] وی در ۲۵ نوامبر در بازی برابر لوانته ۲ گل به ثمر رساند و به فاصلهٔ سه گل از رکورد مولر آلمانی قرار گرفت.[۱۳۸] او در ۱ دسامبر مقابل اتلتیکو بیلبائو دو گل دیگر زد تا تنها یک گل نیاز داشته باشد تا به رکورد اسطورهٔ آلمانی در سال ۱۹۷۲ برسد. البته او با این تعداد گل به برترین گلزن بارسلونا در تاریخ این باشگاه بدل شده بود. این رکورد پیش از آن در اختیار سزار رودریگز آلوارز با ۱۹۰ گل بود.[۱۳۹] مسی در ۹ دسامبر مقابل رئال بتیس دو گل زد و تعداد گل های خود را به ۸۶ رساند و میراث ۸۵ گل مولر را پشت سر گذاشت. مولر در سال ۱۹۷۲ برای بایرن مونیخ و تیم ملی فوتبال آلمان این تعداد گل را به ثمر رسانده بود. مسی بعد از شکستن رکورد گرد مولر، یک پیراهن شمارهٔ دهِ امضاء شدهٔ خود را به عنوان «احترام و تحسین» برای او فرستاد.[۱۴۲] در ۱۲ دسامبر مسی تعداد گل های خود را بعد زدن دو گل برابر کوردوبا در دور اول رقابت های کوپادل ری به عدد ۸۸ رساند. وی در ۱۶ دسامبر دو بار دروازهٔ اتلتیکو مادرید را باز کرد تا تعداد گل هایش به ۹۰ برسد و برد ۴ ۱ تیمش را رقم بزند. مسی سرانجام تعداد گل های آن سالش را با گلی که مقابل رئال وایادولید به ثمر رساند به ۹۱ رساند. گل مسی در آن بازی آخرین گل او در آن سال بود. البته فیفا به بهانهٔ مشکلات تصدیق و تأیید، از پذیرفتن رکورد بیشترین گل در یک سالِ تمام خودداری می کند.[۱۴۳] باشگاه فوتبال بارسلونا در ۱۸ دسامبر ۲۰۱۲ اعلام کرد که قرار داد مسی را تا ۳۰ ژوئن ۲۰۱۸ تمدید خواهد کرد.[۱۴۴] قرار داد در ۷ فوریه ۲۰۱۳ امضاء شد