فصل ۲۰۰۶–۲۰۰۷

در فصل ۲۰۰۶ ۲۰۰۷، مسی با زدن ۱۴ گل در ۲۶ بازی جایگاه خود را به عنوان یک بازیکن کلیدی تثبیت کرد.[۵۰] در ۱۲ نوامبر، مسی در بازی مقابل ساراگوسا از ناحیه استخوان پا دچار مصدومیت شد که منجر به دوری ۳ ماهه او از حضور در زمین های فوتبال شد.[۵۱][۵۲] پس از پایان مصدومیت، مسی در روز ۱۱ فوریه در مقابل ریسینگ سانتاندر در نیمهٔ دوم بازی به عنوان یار تعویضی به زمین آمد. در ۱۱ مارس، مسی با آمادگی کامل در ال کلاسیکو ظاهر شد و موفق به هت تریک شد تا نتیجهٔ تساوی ۳ ۳ را برای بارسای ۱۰ نفره به ارمغان بیاورد.[۵۳] با هت ریک در این بازی، او بعد از ایوان زامورانو که برای رئال مادرید در فصل ۱۹۹۴ ۱۹۹۵ موفق به هت تریک شده بود اولین بازیکنی شد که توانست در ال کلاسیکو موفق به انجام این کار شود. او تا انتهای فصل گل های بیشتری زد. ۱۱ گل از ۱۴ گلی که او در طی فصل به ثمر رسانده بود در ۱۳ بازی آخر به ثمر رسید